Pierwszy budynek zamku powstał ok. połowy XV w. Był to wówczas drugi z szamotulskich zamków, pierwszy – zbudowany sto lat wcześniej – znajdował się na miejscu dzisiejszego kościoła św. Krzyża i zabudowań poklasztornych (jego mury częściowo wtopiły się w te budowle). Ponieważ miasto z czasem stało się własnością dwóch gałęzi rodu, Dobrogost Świdwa Szamotulski zdecydował o wzniesieniu swojej rezydencji w dzisiejszym miejscu. Zięć Szamotulskich, Łukasz II Górka, ok. 1518 r. całkowicie przebudował zamek, a stojącą w pobliżu basztę przystosował do celów mieszkalnych. Po nim modernizację w stylu renesansowym przeprowadził Łukasz III Górka (mąż Halszki z Ostroga). Po jego śmierci zamek przechodził w ręce różnych rodzin szlacheckich. W XIX w. dłużej zamek był własnością rodu Sachsen-Coburg-Gota, w 1869 r. nastąpiła kolejna przebudowa. W czasie ostatniej – w latach 1978-1987 – uwypuklono pierwotne elementy gotyckie. Od 1990 r. zamek stał się jednym z obiektów muzealnych, powołano wówczas Muzeum – Zamek Górków (istniejące od 1957 r. Muzeum Ziemi Szamotulskiej mieściło się tylko w baszcie).